Génomique, structures des génomes, des gènes, bases d'épigénétique, enzymes de chirurgie des génomes, oncologie, thérapie génique, qPCR, animaux transgéniques (knock-in, knock-out), ChIP, ChIP-Seq
Génomique structurale
- Structure des gènes procaryotes et eucaryotes, Familles de gènes, Pseudogènes
- Organisation des génomes procaryotes et eucaryotes
- Marqueurs géniques : STS, microsatellites, SNPs, ...Cartographie génétique et physique
- Séquençage à haut débit : pyroséquençage, Roche 454, Illumina, ion Torrent, Nanopore ...
- Localisation de gènes et de séquences régulatrices
- DNase HS (Hypersensibilité à la DNase) ...
- ChIP (Chromatin Immuno Precipitation), ChIP on chip, ChIP-Seq
- Génotypage de SNPs, détection de mutations, analyse des méthylations de l'ADN
criblage par dHPLC, HRM, SNP arrays, etc ...
- Cytogénétique moléculaire Fish, Prins, CGH array
Génomique fonctionnelle
- Expression transcriptionnelle / Analyse individuelle
Dot blot, Northern blot, RPA = RNase Protection Assay, RT-PCR, q-RT-PCR - Expression transcriptionnelle / Analyse globale
Microarrays, SAGE, Digital Gene Expression, RNA-Seq - Expression traductionnelle / Analyse individuelle Western blot, Immunoprécipitation
- Expression traductionnelle / Analyse globale (analyse du protéome)
Electrophorèse bidimensionnelle, Spectrométrie de masse, Puces à protéines - Inactivation ciblée d'un gène
Recombinaison homologue, Knock out, Knock in, RNA interference par siRNA et shRNA
Élimination conditionnelle de gènes et remplacement de gènes : Cre/loxP ...
Promoteurs inductibles artificiels : Tet On, Tet Off - Modification ciblées du génome
méganucléases, zinc finger nucleases, Cre Lox modifié, TALENs nucléases, CRISPR-Cas9 - Études d'interactions : Criblage par Double hybride, Simple hybride, Analyse par Affinity pull down, Biacore ...
Maladies génétiques Clonage positionnel, génétique inverse
L'ADN médicament Thérapie génique - Vaccins à ADN
Focus technologique
- Puces à ADN : principes, méthodologies, technologies, applications
- Séquençages NGS
- Aptamères, synthèse par méthode Selex
- Diffusion des technologies de la génomique en diagnostic
Technologies récentes et émergentes
- Assemblages de " biobriques ", biologie synthétique.
- PCR microfluidique à haut débit haut débit, PCR sur cellule unique
- Nanostring, Western Blot microfluidique
Concepts émergents
Épigénétique : Notions de base
Virologie : Notions de base
Oncologie :Notions de base
Une partie de l'enseignement se fait en anglais.